นายเอกนิติ นิติทัณฑ์ประภาศ อธิบดีกรมสรรพากร ชี้แจงกรณีมีข่าวว่าประชาชน ต้องแบกรับภาษีมูลค่าเพิ่ม จากการที่จะต้องถูกโรงพยาบาลเอกชนเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่ม ว่า อาจเป็นการเข้าใจคลาดเคลื่อนก่อให้เกิดความเข้าใจผิดกับสาธารณชน กฎหมายกำหนดไว้ ตามมาตรา 81 (1)(ญ) แห่งประมวลรัษฎากร การให้บริการรักษาพยาบาลของสถานพยาบาลตามกฎหมายว่าด้วยสถานพยาบาล ได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม 

ดังนั้นโรงพยาบาลเอกชน จึงได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม โรงพยาบาลเอกชน จึงไม่สามารถเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มจากวัคซีนทางเลือก ที่ให้บริการแก่ประชาชนได้ สำหรับผู้ประกอบการที่อยู่ในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม เมื่อมีภาษีซื้อที่เกิดจากต้นทุนการซื้อ สามารถนำมาขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มได้ตามปกติ ซึ่งกรมสรรพากร จะรีบดำเนินการคืนให้โดยรวดเร็ว 

สำหรับภาษีเงินได้นิติบุคคลของโรงพยาบาลเอกชน หากโรงพยาบาลเอกชนมีกำไรจากการประกอบการ ก็เป็นหน้าที่ปกติของผู้ประกอบการโรงพยาบาลเอกชนที่จะต้องเสียภาษีเงินได้จากกำไรเช่นเดียวกับผู้ประกอบการอื่น ๆ