ย้อนไปเมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม 2545 พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จฯ พร้อมด้วย สมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าพัชรกิติยาภาฯ ไปทรงประกอบพิธี วางศิลาฤกษ์ พร้อมพระราชทานนาม 'โรงพยาบาล 50 พรรษา มหาวชิราลงกรณ' ณ บ้านปลาดุก หมู่ 3 อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี

สำหรับโรงพยาบาลแห่งนี้ เกิดขึ้นจากพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้สร้างโรงพยาบาลสงฆ์ต้นแบบ เพื่อบำบัดโรคาพาธ ดูแลสุขภาพพระภิกษุสามเณร และดูแลสุขภาพประชาชนผู้ด้อยโอกาส ในชนบทของภาคตะวันออกเฉียงเหนือ 20 จังหวัด

เนื่องจากในอดีตที่ผ่านมา พระสงฆ์ในชนบทของประเทศไทย เวลาอาพาธจะเข้ารับการบำบัดรักษาที่โรงพยาบาลท้องถิ่นในอำเภอ หรือในจังหวัดของตนปะปนและแออัดกับคนไข้คฤหัสถ์ ซึ่งมีจำนวนมากอยู่แล้วจนเตียงและห้องไม่เพียงพอ อันเป็นภาพที่ไม่เหมาะสม ในกรณีที่เป็นเรื่องสำคัญก็จะเข้าไปรับการบำบัดที่โรงพยาบาลสงฆ์ในกรุงเทพฯ ซึ่งก็มักจะมีปัญหาในเรื่องหาที่พำนักก่อนเข้าโรงพยาบาล รวมถึงปัญหาค่าใช้จ่ายที่จำเป็นต่าง ๆ เช่น ค่าพาหนะและภัตตาหารตลอดถึงจะต้องหาพระเถระผู้ใหญ่ให้การรับรองเข้าโรงพยาบาลเป็นต้น

ปัญหาเรื้อรังตลอดระยะเวลาที่ผ่านมาก็คือ พระสงฆ์ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ซึ่งเป็นพระสงฆ์ส่วนใหญ่ในประเทศ ต่างประสบความเดือดร้อนในเรื่องต่าง ๆ ดังกล่าวเป็นอย่างมาก เพราะฉะนั้น พระสงฆ์และประชาชนในภาคตะวันออกเฉียงเหนือจึงต้องการให้มี 'โรงพยาบาลสงฆ์' ขึ้น ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ เพื่อขจัดขั้นตอนปัญหาต่าง ๆ ในการบำบัดอาพาธของพระสงฆ์ และเพื่อแบ่งเบาภาระของโรงพยาบาลท้องถิ่น ในการบำบัดโรคภัยไข้เจ็บของประชาชนในชนบทด้วย แต่ความต้องการในการแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนดังกล่าว ยังมิได้รับการสนองตอบจากรัฐบาล เนื่องจากภาวะวิกฤตทางเศรษฐกิจดังเป็นที่ทราบกันดีอยู่แล้ว ด้วยเหตุนี้ คณะสงฆ์และประชาชนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จึงเห็นควรรณรงค์ประชาชนร่วมกันบริจาคต้นทุนก่อสร้างตามกำลัง ก่อนที่จะได้รับความสนับสนุนจากรัฐบาล

พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 10 เมื่อครั้งยังเป็น สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ทรงทราบถึงปัญหาและทรงตระหนักถึงความสำคัญในเรื่องนี้ จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ รับโครงการก่อสร้างโรงพยาบาลนี้ เป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติ ในมหามงคลเฉลิมพระชนม 50 พรรษา ในปีพุทธศักราช 2545 พร้อมพระราชทานนามโรงพยาบาลนี้ว่า 'โรงพยาบาล 50 พรรษา มหาวชิราลงกรณ'