เมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2436 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้ก่อตั้ง 'วิทยาลัย' ภายในวัดบวรนิเวศ โดยให้ชื่อว่า มหามกุฏราชวิทยาลัย ซึ่งเป็นสถานที่สำหรับศึกษาพระปริยัติธรรมของพระสงฆ์และสามเณร แยกออกเป็นสองส่วน คือ ส่วนที่ใช้สำหรับการศึกษาเกี่ยวกับพระปริยัติธรรม และส่วนที่เป็นโรงเรียน ซึ่งภายหลังกลายเป็นต้นแบบของ 'โรงเรียนวัดบวรนิเวศ'

ในช่วงแรก โรงเรียนนี้ได้รับการดูแลโดยพระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นวชิรณาณวโรรส และต่อมามีการขยายการเรียนการสอนอย่างต่อเนื่อง รัชกาลที่ 5 ทรงมีพระราชประสงค์ให้การศึกษากระจายไปทั่วประเทศ จึงโปรดเกล้าฯ ให้นำหลักสูตรและวิธีการสอนที่ใช้ในโรงเรียนวัดบวรนิเวศไปใช้ในโรงเรียนต่าง ๆ ทั่วประเทศ นับเป็นจุดเริ่มต้นที่ทำให้โรงเรียนวัดบวรนิเวศกลายเป็นสถาบันที่เป็นต้นแบบในการใช้หลักสูตรการศึกษาทั่วประเทศ

เมื่อเข้าสู่รัชสมัยของรัชกาลที่ 6 โรงเรียนวัดบวรนิเวศยังคงเป็นสถานที่สำคัญในการเสริมสร้างความรู้ โดยรัชกาลที่ 6 ทรงโปรดเกล้าฯ สร้างอาคาร 'มนุษยนาควิทยาทาน' ซึ่งนอกจากจะเป็นการรำลึกถึงพระเจ้าน้องยาเธอกรมหมื่นวชิรณาณวโรรส ยังเป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนของนักเรียนโรงเรียนวัดบวรนิเวศและโรงเรียนฝึกหัดครูวัดบวรนิเวศอีกด้วย

จนถึงปัจจุบัน โรงเรียนวัดบวรนิเวศได้ดำเนินการเรียนการสอนมาเป็นเวลาเกือบ 132 ปี และยังคงมีบทบาทสำคัญในการผลิตบุคลากรที่มีความรู้ความสามารถ เพื่อเป็นส่วนหนึ่งในการพัฒนาประเทศไทย