"1,500 ไมล์ ทะเลไทยมีนาวีนี้เฝ้า"   พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เสด็จพระราชดำเนินมาทรงประกอบพิธีเปิดโรงเรียนนายเรือ ณ พระราชวังเดิม กรุงธนบุรี เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2449 โดยทรงเล็งเห็นความสำคัญของการพัฒนากองทัพเรือ จึงได้ทรงตั้ง "วันกองทัพเรือ" ขึ้น เพื่อเป็นการน้อมรำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณของพระองค์ที่ได้ทรงก่อตั้งสถาบันหลักของกองทัพเรือ ซึ่งกลายเป็นรากฐานสำคัญในการพัฒนากิจการทหารเรือให้เจริญก้าวหน้าและมั่นคงจนถึงปัจจุบัน

ในสมัยโบราณ การแบ่งแยกกำลังรบทางเรือจากทางบกยังไม่เป็นระบบ จนกระทั่งในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวที่ทรงริเริ่มการแยกกำลังรบทางเรือออกจากกำลังบก เมื่อครั้งเริ่มตั้งกรมทหารเรือ กิจการทหารเรือบางประเภทยังขาดบุคลากรที่มีความรู้และความชำนาญ จึงจำเป็นต้องจ้างชาวต่างชาติให้มาดำรงตำแหน่งสำคัญ เช่น ผู้บังคับการเรือและผู้บัญชาการป้อมต่าง ๆ

หลังจากวิกฤตการณ์ ร.ศ. 112 (พ.ศ. 2436) พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชดำริว่า การที่กองทัพเรือยังพึ่งพาบุคลากรจากต่างประเทศไม่สามารถรับประกันการรักษาอธิปไตยของชาติได้ดีเท่ากับคนไทยเอง พระองค์จึงมีพระราชประสงค์ให้มีการศึกษาอบรมทหารเรือไทยให้มีความรู้ความสามารถเพียงพอที่จะรับตำแหน่งต่าง ๆ ในกองทัพเรือแทนชาวต่างชาติ โดยทรงโปรดเกล้าฯ ให้พลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าอาภากรเกียรติวงศ์ กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ พระราชโอรส เสด็จไปศึกษาวิชาการทหารเรือ ณ ประเทศอังกฤษ

พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานพระราชวังเดิม กรุงธนบุรี ให้เป็นที่ตั้งของโรงเรียนนายเรือ ตั้งแต่วันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2443 และได้พระราชทานพระราชหัตถเลขาในสมุดเยี่ยมของโรงเรียนความว่า:  

“วันที่ 20 พฤศจิกายน ร.ศ. 125 เราจุฬาลงกรณ์ ปร. ได้มาเปิดโรงเรียนนี้ มีความปลื้มใจ ซึ่งได้เห็นการทหารเรือมีรากหยั่งลงแล้ว จะเป็นที่มั่นสืบต่อไปในภายหน้า”