พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ 9) และ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ สยามมกุฎราชกุมาร (ในหลวง รัชกาลที่ 10 พระราชอิสริยยศในขณะนั้น) เสด็จฯ ทรงประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์ โรงพยาบาลธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต 

สำหรับการจัดตั้งโรงพยาบาลของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 9 โปรดเกล้าฯ พระราชทานนามว่า “โรงพยาบาลธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ” ซึ่งสร้างขึ้นจากแรงศรัทธาของทายาท มรว.สุวพรรณ สนิทวงศ์, ธนาคารทหารไทย จำกัด, มูลนิธิเพื่อโรงพยาบาลธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ และศิษย์เก่ามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์

โดยเสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน พ.ศ. 2529 โรงพยาบาลก่อสร้างแล้วเสร็จในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2530 และเปิดให้บริการประชาชนทั่วไปเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 5 ธันวาคม พ.ศ. 2530 เพื่อถวายเป็นราชกุศลเนื่องในมหามงคลสมัยที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 5 รอบ

ในวันที่ 29 มีนาคม พ.ศ. 2531 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จแทนพระองค์ทรงประกอบพิธีเปิดโรงพยาบาลธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติอย่างเป็นทางการ โดยในระยะแรกมีเพียง 2 อาคารที่เปิดให้บริการรักษาพยาบาลแก่ประชาชนทั่วไป คือ

1. อาคาร มรว.สุวพรรณ สนิทวงศ์ เปิดให้บริการรักษาพยาบาลผู้ป่วยฉุกเฉิน ผู้ป่วยนอก และสำนักงานต่างๆ

2. อาคารธนาคารทหารไทย เปิดให้บริการรักษาพยาบาลสำหรับผู้ป่วยทุกประเภท

ต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2533 โรงพยาบาลธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ จึงถูกรวมเข้าเป็นส่วนราชการหนึ่งซึ่งมีฐานะเทียบเท่าสถาน (ภาควิชา) ของคณะแพทยศาสตร์ เช่นเดียวกับสถานวิทยาศาสตร์พรีคลินิก และสถานวิทยาศาสตร์คลินิก โดยมีภารกิจในการให้บริการวิชาการทางด้านการแพทย์และสาธารณสุขแก่ประชาชนโดยทั่วไป และเป็นแหล่งฝึกปฏิบัติภาคคลินิกของคณะแพทยศาสตร์ด้วย