ความสัมพันธ์ระหว่างญี่ปุ่นกับไทย มีประวัติยาวนานหลายร้อยปี แต่มีการสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตอย่างเป็นทางการโดยการลงนามในปฏิญญาทางไมตรี และการพาณิชย์ เมื่อวันที่ 26 กันยายน พ.ศ. 2430

จุดเริ่มต้นความสัมพันธ์อันดีในครั้งนั้น ได้ทำให้ไทยและญี่ปุ่น มีระดับความใกล้ชิดที่ราบรื่น จนเกิดความร่วมมือของทั้งสองประเทศครอบคลุมทั้งในด้านเศรษฐกิจ การเมือง สังคม และวัฒนธรรม เพื่อเสริมสร้างศักยภาพของประเทศ และไทยเองก็ได้มุ่งกระชับความสัมพันธ์ และความร่วมมือกับญี่ปุ่นให้พัฒนาไปสู่ความเป็นหุ้นส่วนทางยุทธศาสตร์และเศรษฐกิจ (strategic and economic partnership)

โดยมีการเยือนสำคัญในระดับพระราชวงศ์ ที่สำคัญ คือในช่วงต้นรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร พระองค์ได้เสด็จพระราชดำเนินเยือนต่างประเทศ เพื่อทรงเจริญสัมพันธไมตรี พร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ ในรัชกาลที่ 9 และหนึ่งในประเทศที่พระองค์เลือกเสด็จพระราชดำเนินเยือน คือ ประเทศญี่ปุ่น ในปี พ.ศ. 2506

ในครั้งนั้น พระองค์ทรงเสด็จเยือนกรุงโตเกียว เมืองนาโงยา จังหวัดเกียวโต และนารา และฝ่ายญี่ปุ่นได้ถวายการต้อนรับ ด้วยการนำเสด็จพระราชดำเนินไปยังโรงงานผลิตกล้องถ่ายรูป และวิทยุ เพื่อทอดพระเนตรเทคโนโลยีการผลิตของญี่ปุ่น ซึ่งชี้ให้เห็นว่าฝ่ายญี่ปุ่นทราบถึงความสนพระราชหฤทัยของพระองค์เป็นอย่างดี

การเสด็จพระราชดำเนินเยือนญี่ปุ่นในครั้งนั้น เป็นจุดเริ่มต้นแห่งพระราชไมตรีของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร และสมเด็จพระจักรพรรดิอะกิฮิโตะ ซึ่งในขณะนั้นทรงดำรงพระอิสริยยศเป็นมกุฎราชกุมารอะกิฮิโตะ

โดยการเสด็จพระราชดำเนินเยือนประเทศไทยของสมเด็จพระจักรพรรดิอะกิฮิโตะ และสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะ เพื่อทรงตอบแทนพระราชไมตรี มกุฎราชกุมารอะกิฮิโตะ พร้อมด้วยเจ้าหญิงมิชิโกะ (พระอิสริยยศในขณะนั้น) ที่ได้เสด็จพระราชดำเนินเยือนประเทศไทยอย่างเป็นทางการครั้งแรกในปี พ.ศ. 2507 ซึ่งในครั้งนั้นมีเหตุการณ์อันเป็นที่ระลึกแห่งพระราชไมตรี และพระปรีชาสามารถของสมเด็จพระจักรพรรดิอะกิฮิโตะ และพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร และนับเป็นหนึ่งในประวัติศาสตร์ที่สำคัญยิ่งของความสัมพันธ์ระหว่างสองประเทศ

ขณะที่ความสัมพันธ์ระดับประชาชนของทั้งสองประเทศก็มีความใกล้ชิดแนบแน่น โดยปัจจุบัน มีชาวไทยที่พำนักอยู่ในญี่ปุ่นในปี 2019 ประมาณ 86,666 คน ในขณะที่มีชาวญี่ปุ่นที่พำนักอยู่ในประเทศไทยในปี 2021 จำนวน 82,574 คน