ภายหลังจากเกิดเหตุการณ์ชุมนุมประท้วงของกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย จนทำให้ ‘ทักษิณ ชินวัตร’ นายกรัฐมนตรี ตัดสินใจยุบสภา ในวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2549 เพื่อให้ประชาชนได้ตัดสินใจเลือกตั้งอีกครั้ง โกำหนดให้วันที่ 2 เมษายน 2549 เป็นวันเลือกตั้งทั่วไป

แต่ทว่า ก่อนการเลือกตั้ง วันที่ 2 เมษายน 2549 ฝ่ายค้านในห้วงนั้นประกอบด้วยพรรคประชาธิปัตย์ พรรคชาติไทย พรรคมหาชน ได้ทำหนังสือถึงพรรคไทยรักไทย เรียกร้องให้ทำสัตยาบันร่วมกันว่า หลังการเลือกตั้งจะมีการแก้ไขรัฐธรรมนูญ 2540 มาตรา 313 เพื่อตั้ง ‘คนกลาง’ ขึ้นมายกร่างรัฐธรรมนูญใหม่ แต่พรรคไทยรักไทยประกาศไม่ลงสัตยาบันร่วมกับฝ่ายค้าน แต่เชิญหัวหน้าพรรคทุกพรรคให้มาทำสัญญาประชาคมร่วมกันว่า จะแก้ไขรัฐธรรมนูญระหว่างการเลือกตั้ง จากนั้นค่อยมาตั้ง ‘คนกลาง’ เพื่อยกร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ ฝ่ายค้านจึงประกาศคว่ำบาตรไม่ส่งผู้สมัคร

การเลือกตั้งวันที่ 2 เมษายน 2549 จึงเกิดเหตุการณ์ความวุ่นวายมากมาย มีการฉีกบัตรเลือกตั้งเพื่อแสดงอารยะขัดขืน เช่น รศ.ดร.ไชยันต์ ไชยพร, มีการกรีดเลือดมาเป็นหมึกกาบัตรเลือกตั้ง, คูหาเลือกตั้งหันหลังออก, มีผู้สมัคร ส.ส. หลายสิบเขตได้รับคะแนนเสียงน้อยกว่าคะแนนโนโหวต มีการใช้ตรายางประทับบัตรเลือกตั้ง และมีบัตรเสียเป็นจำนวนมาก ส่งผลให้เกิดความเคลือบแคลงใจในความโปร่งใสของการเลือกตั้งครั้งนั้นอย่างหนัก

ส่วนผลการเลือกตั้งปรากฏว่า ส.ส.ระบบบัญชีรายชื่อ มีผู้มาใช้สิทธิ 29 ล้านคนเศษ จากจำนวนผู้มีสิทธิเลือกตั้งกว่า 44.9 ล้านคน คิดเป็น 64.77% มีบัตรเสีย 1,680,101 ใบ หรือ 5.78% มีผู้ไม่ประสงค์จะลงคะแนน หรือ โนโหวต สูงถึง 9,051,706 คน คิดเป็นสัดส่วน 31.12%

และผลการเลือกตั้ง ส.ส.แบบแบ่งเขต มีผู้มาใช้สิทธิเกือบ 29 ล้านคน หรือ 64.76% ของผู้มีสิทธิ์เลือกตั้ง มีบัตรเสีย 3,778,981 ใบ 13.03% มีผู้ไม่ประสงค์จะลงคะแนน 9,610,874 คน 33.14%

หลังจากนั้น ผู้ตรวจการแผ่นดินรัฐสภา ได้ขอให้ศาลรัฐธรรมนูญ เพิกถอนการเลือกตั้ง และให้มีการเลือกตั้งใหม่

คำวินิจฉัยศาลรัฐธรรมนูญที่ 9/2549 ในวันที่ 8 พฤษภาคม 2549 และคำพิพากษาศาลปกครองกลางที่ 607-608/2549 วันที่ 16 พฤษภาคม 2549 วินิจฉัยให้การเลือกตั้ง 2 เมษายน 2549 ไม่ชอบด้วยรัฐธรรมนูญ เนื่องจากมีการจัดคูหาที่อาจส่งผลให้การลงคะแนนเสียงเลือกตั้งไม่เป็นไปโดยลับ และให้จัดเลือกตั้งใหม่อีกครั้ง ในวันที่ 15 ตุลาคม พ.ศ. 2549

นอกจากนี้ ในวันที่ 25 กรกฎาคม 2549 ศาลอาญา ได้พิพากษาให้ กกต. ที่จัดการเลือกตั้งมีความผิดเนื่องจากการจัดการเลือกตั้งที่ไม่เที่ยงธรรม โดยให้ลงโทษจำคุก 4 ปี โดยไม่รอลงอาญา และเพิกถอนสิทธิเลือกตั้ง 10 ปี แต่ต่อมา เมื่อปี 2556 หลังจากที่ กกต. (สามคนในเวลานั้น) ผ่านการติดคุก/ต่อสู้คดีแล้ว ศาลกลับได้มีคำสั่งยกฟ้อง กกต. ทั้งสาม

หลังจากนั้นก็มีการสรรหา กกต.ใหม่ และกำหนดวันเลือกตั้งใหม่ แต่ยังไม่ทันได้เลือกตั้ง ก็ถูก พล.อ.สนธิ บุญยรัตกลิน ทำการปฏิวัติเสียก่อนเมื่อวันที่ 19 กันยายน 2549

แต่ผลพวงจากการเลือกตั้งที่ไม่โปร่งใสในครั้งนั้น ยังตามหลอนพรรคไทยรักไทยไม่จบสิ้น เมื่อ ‘สุเทพ เทือกสุบรรณ’ เลขาธิการพรรคประชาธิปัตย์ ได้ยื่นเรื่องร้องเรียน กกต.ว่า พรรคไทยรักไทย จ้างพรรคการเมืองขนาดเล็ก อย่างพรรคพัฒนาชาติไทย และพรรคแผ่นดินไทยลงสมัคร ลงสมัครรับเลือกตั้งเพื่อหนีเกณฑ์ร้อยละ 20 ของผู้มีสิทธิ์ออกเสียงเลือกตั้ง โดยร่วมกับเจ้าหน้าที่ กกต.ปลอมแปลงฐานข้อมูลสมาชิกพรรคเล็กเมื่อปี 2549