คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นหน่วยงานระดับคณะวิชาของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มีพระราชกฤษฎีกาประกาศตั้งเมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2490 มีผลบังคับใช้ในวันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ. 2490 โดยสังกัดอยู่ภายใต้มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ จนกระทั่งถูกโอนมาสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในปี พ.ศ. 2510 เป็นคณะแพทยศาสตร์แห่งที่ 2 ของประเทศไทย ถือกำเนิดจากพระราชปรารภในพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล พระอัฐมรามาธิบดินทร รัชกาลที่ 8 

การดำเนินการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์แห่งนี้เริ่มขึ้นภายหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 ยุติลงเพียงแปดเดือนเท่านั้น ถือเป็นช่วงเวลาที่ประเทศไทย ประสบความยากลำบากทางการเมืองและเศรษฐกิจ อีกทั้งจำเป็นต้องมีการบูรณะบ้านเมืองที่เสียหายจากการทิ้งระเบิด คณะแพทยศาสตร์แห่งนี้จึงเป็นส่วนหนึ่งในการพัฒนาวงการสาธารณสุขของประเทศ ในช่วงเวลาที่ประเทศกำลังอยู่ในภาวะวิกฤต ควบคู่ไปกับการพัฒนามาตรฐานแพทยศาสตรศึกษา 

ปัจจุบันคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นศูนย์ความร่วมมือขององค์การอนามัยโลก 3 สาขา ได้แก่ ศูนย์ความร่วมมือด้านแพทยศาสตรศึกษา ศูนย์ความร่วมมือด้านการวิจัยการสืบพันธุ์ของมนุษย์ ศูนย์ความร่วมมือด้านการวิจัยและฝึกอบรมด้านไวรัสและโรคติดต่อจากสัตว์สู่คน